糞便中の細菌を検査します。目的は、危険な食中毒菌を保菌している人を見つけ出すことにあります。
保菌とは人が腸内でその菌を一時的にあるいは常時持っていることを意味します。便などから排出されるため、その菌を職場に広げたり、人に感染させてしまうリスクがあります。
危険な食中毒菌とは腸管出血性大腸菌（O157、O26、O111等）、赤痢菌、サルモネラ菌などです。それ以外にも危険な食中毒菌はありますが、検便検査では一般的に食中毒を引き起こしやすい代表的な菌を対象にします。
特にＯ１５７などの腸管出血性大腸菌は感染者が死亡するリスクの高い非常に危険な菌です。そのため、調理者・保育士・介護士などは、国のマニュアルや指針、自主ルールに則って検査を行うことになっています。